显微镜有不同的调焦方式，即主镜筒和透镜固定
任何一种光学仪器里z有价值的部分是在它的透镜、反射镜和稜镜，这些镜片都是选用高品质的光学玻璃，再根据使用目的不同，经过精确的成形和磨光制造而成的。玻璃是一种坚硬的原料，但是有些散布伴空气中、肉眼无法看到的灰尘微粒可能比玻璃还硬，如果在清理镜片时，稍不留神，使得这些灰尘微粒擦过镜片表面，就容易在上面形成刮痕。往往一个小小的刮痕就会使光线无法通过，而减低观察的效果，刮痕多的话甚至会使镜片毁坏而无法使用。因此每次使用时都要避免去摩擦镜片，同时避免让手指头接触到镜片，因为皮肤上的汁水及指纹会对镜片造成破坏。
假如显微镜本身没有使用电池的照明设备，使用前就要先调整反射镜，使按目镜能获得最充足的光线，有一点要注意的是，绝对不要将反射镜直接对着太阳。接着把标本放在镜台上，使标本的位置对准光圈中央，再以镜台压条固定住。假如接物镜是装在旋转盘上，可将z低倍率的一个转到标本上方，先调整粗调节器来对准焦距，再以微调节器来做最佳的调焦。
有的显微镜有不同的调焦方式，即主镜筒和透镜固定，而上下调整镜台来对焦。不管用的是那一种，要切记一项规则，那就是先把接物镜放到z低位置，再转动调节器，使镜筒慢慢上升，直到影像清晰为止;也就是说，调整焦距时，千万不要把接物镜朝着标本方向调整，而要朝相反方向来移动，以免一不小心，二者碰在一起，使标本片容易破裂，或使接物镜产生龟裂。
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