超声波DNA打断仪实验案例
实验案例
现在的高通量测序平台（主要是illumina）在直接测序时只能测出200bp长度的序列，因此建库方案是将dna .片段化为200bp，然后深度测序后，后将序列拼接。我公司自主研发的非接触聚能式超声波dna打断仪可以在不接触样品的情况下隔着ep管将细胞dna链至打断至200bp或是更小。
实验目的：将收集的细胞dna..片段化
样品：鼠源乳腺癌细胞4t1
人源肝癌细胞hepg2
人源耐药子宫肉瘤细胞mes-sa/dx5
实验步骤：
交联： 取1皿细胞（10 cm平皿），10 ml培养基中加入270 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%，轻轻摇匀，37℃ 孵育10 min。终止交联：加*至终浓度为0.125 m。550 ul 2.5 m*于平皿中。轻轻摇匀，在室温下放置5 min即可。弃净培养基，用冰冷的含1mm pmsf的pbs清洗细胞2次，每次5-10ml。加入3 ml冰冷的含1mm pmsf的pbs，细胞刮刀收集细胞于离心管中，用pbs清洗培养皿两次，收集到离心管中。预冷后2000 rpm离心 5 min收集细胞。新鲜配置一定体积的蛋白酶抑制剂复合物和sds lysis buffer，充分混匀。弃上清，加入一定体积含有蛋白酶抑制剂复合物的sds lysis buffer，重悬细胞。冰上放置10min。开启冷循环泵，并降温至4℃以下。开启超声波dna打断仪，将程序调制循环模式，超声20s停10s。启动机器至超声结束。加解交联试剂65℃ 解交联4h以上，可过夜解交联。将超声过的样品提取dna. 片段。1.5%-2%琼脂糖凝胶电泳15min。拍照。人源骨肉瘤细胞u2os
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