土壤和湖海沉积物中都含有棕黑色或黑色的腐殖酸,它们对pcr等后续反应有极大的抑制作用,所以有效去除土壤中腐殖酸是提取土壤微生物dna的重要环节,但是目前市场上没有专门的产品,针对这一情况,上海生工这个产品,专门用于对提取dna用的土壤进行预处理,以清除腐殖酸成分。
1.清除效果好,一次能使腐殖酸的浓度降低50%左右。
2.适合于黄色、红色、黑色和棕黑色等各种质地的土壤和河海沉积物。
3.操作过程简单快速,一次处理只需要10分钟。
4.扩容性好,可小规模操作,也可以大规模操作。
疑难解答
如何判断提取的dna没有腐殖酸污染?
方法一是目测法,即看得到的溶液是否无色。如果呈淡棕黑色或淡黄色,说明可能是少量残留的未除尽的腐殖酸。
方法二是检测最大光吸收。
注意:有腐殖酸污染并不表示 dna 不能使用,有的腐殖酸并不抑制 pcr 扩增。
腐殖酸的最大吸收波长是多少?
腐殖酸(humicacid)是一大类呈棕黑色或黑色的物质,其结构千差万别,土壤中腐殖酸的组成和特点随土壤不同而不同,所以其最大吸收波长也各不相同。有的土壤的腐殖酸的最大吸收波长在260nm(见appl.environ.microbiol.,63:4993,1997),有的则在340nm,所以用特定的波长测定od值时波长的选定要根据土壤而决定。sigma,fluka等公司出售的腐殖酸产品成分一般比较简单,其最大吸收波长不能推广到成分更为复杂的土壤腐殖酸样品。
是否腐殖酸都会抑制后续的dna反应?
否,因为腐殖酸是一大类物质的统称,他们的结构和特性各不相同,所以是否对后续反应有影响最好通过实验来验证。如果用提取的dna溶液原液进行反应而反应没发生,而对照样品(已知的不含污染的dna)能够发生,说明可能有抑制作用。
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